Pour être commercialisé et étiqueté « agriculture biologique », tout produit doit avoir été contrôlé et certifié par un organisme de contrôle agréé par les pouvoirs publics.
À ce jour, les organismes de contrôle agréés en France sont, par exemple, Ecocert, Qualité France ou SGS.
Tout opérateur (agriculteur, préparateur, distributeur ou importateur) doit également déclarer son activité chaque année auprès des pouvoirs publics.
Le ou les contrôle(s) annuel(s) portent sur l’ensemble du système de production : parcelles agricoles, lieux de stockage, transformation, comptabilité matière, conformité des recettes et produits correspondants, garanties données par les fournisseurs, étiquettes…
Des prélèvements pour analyse peuvent être effectués afin de vérifier la non utilisation de produits interdits (pesticides, OGM…).
Un certificat est délivré par l’organisme certificateur pour les produits jugés conformes à la réglementation en vigueur au vu des résultats des contrôles.